“十三五”以来，学校瞄准中医药领域的科技前沿和关键问题，着力提升中医药基础研究能力和关键技术突破能力，推动科研创新能力显著提升，基础条件不断垒实，科研项目持续增长。围绕建设一流中医药大学任务，不断推进一流科研工程建设，大力加强有组织科研的开展及创新探索。学校建有血液病、免疫风湿病国家中医临床研究基地，国家中医药管理局重点研究室3个、国家中医药科研实验室（三级）10个、国家中医药管理局协同创新中心1个、浙江省重点实验室10个、浙江省临床医学研究中心1个、浙江省公共科技条件平台2个、浙江省协同创新中心3个、浙江省工程研究中心6个，以及浙江省国际科技合作载体5个。2022年12月30日，由我校和金华市政府共建的浙江中医药大学金华研究院（浙中实验室）正式揭牌成立。

“十三五”以来我校承担厅局级及以上科研项目2500余项，实现纵向科研经费超4.5亿元。获立项国家级项目442项，其中国家级重大重点项目17项。7年间，我校获国家自然科学基金委员会资助419项，稳居全国同类院校第5位。我校承担厅局级项目（社科类）350余项，国家社科基金11项，其中2022年国家社科基金立项数位列全国同类院校并列第一。

“十三五”以来学校共获教育部科学研究优秀成果奖、浙江省科学技术奖、中华中医药学会科学技术奖等省部级科技成果奖励89项，其中教育部高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）二等奖5项，浙江省科学技术奖一等奖5项。发表SCI、SSCI、EI等收录论文3500余篇；其中TOP期刊收录论文370余篇；获药物临床试验批件(松葛降尿酸颗粒)1项；授权专利900余项，其中授权发明专利200余项，包括美国等国家发明专利6项。协同社会合作处共同推进校企合作，与省内外200多家企业、院所开展技术开发、科技咨询等合作与服务，签署横向项目合同近500项，合同金额近1.8亿元，累计到账横向经费近8600万元，2022年已实现年度到账横向科研经费达3000万元的目标。转让、转化发明专利等成果18项，累计合同金额1000余万元。